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PCR反應(yīng)過程中會出現(xiàn)錯配現(xiàn)象，這些錯配分布在PCR產(chǎn)物的不同位置，所以我們得到的PCR產(chǎn)物是許多攜帶不同位置錯配片段的混合物。PCR產(chǎn)物直接進(jìn)行測序，如果在同一堿基處出現(xiàn)多次錯配現(xiàn)象，但絕大多數(shù)片段在該位置上的堿基還是正確的，所以錯配堿基會由于信號較弱而被覆蓋，正確堿基被讀取 。因此，用PCR產(chǎn)物直接進(jìn)行測序，其結(jié)果可以間接反映原始模板信息。而PCR產(chǎn)物經(jīng)克隆后測序是分析了單一片段的堿基序列。在PCR擴(kuò)增過程中，每一個DNA片段都可能發(fā)生堿基錯配現(xiàn)象。所以，PCR產(chǎn)物克隆過程中可能連入錯配片段，其測序結(jié)果和PCR產(chǎn)物直接測序的結(jié)果不完全一致。