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PCR反應(yīng)過程中會(huì)出現(xiàn)錯(cuò)配現(xiàn)象，這些錯(cuò)配分布在PCR產(chǎn)物的不同位置，所以我們得到的PCR產(chǎn)物是許多攜帶不同位置錯(cuò)配片段的混合物。PCR產(chǎn)物直接進(jìn)行測(cè)序，如果在同一堿基處出現(xiàn)多次錯(cuò)配現(xiàn)象，但絕大多數(shù)片段在該位置上的堿基還是正確的，所以錯(cuò)配堿基會(huì)由于信號(hào)較弱而被覆蓋，正確堿基被讀取 。因此，用PCR產(chǎn)物直接進(jìn)行測(cè)序，其結(jié)果可以間接反映原始模板信息。而PCR產(chǎn)物經(jīng)克隆后測(cè)序是分析了單一片段的堿基序列。在PCR擴(kuò)增過程中，每一個(gè)DNA片段都可能發(fā)生堿基錯(cuò)配現(xiàn)象。所以，PCR產(chǎn)物克隆過程中可能連入錯(cuò)配片段，其測(cè)序結(jié)果和PCR產(chǎn)物直接測(cè)序的結(jié)果不完全一致。